სახელმწიფო ქონების ეროვნულმა სააგენტომ საკონსულტაციო კომპანიის „სინერჯი ჯგუფის“ დახმარებით შეიმუშავა ახალი ორგანიზაციული სტრუქტურა, რომელიც სააგენტოს წინაშე მდგარ პრიორიტეტულ გამოწვევებს პასუხობს. ახალ სტრუქტურაში მთავარი აქცენტები სახელმწიფო ქონების პროაქტიულ გაყიდვებსა და მომხმარებელთა მომსახურების ხარისხის გაზრდაზე გაკეთდა. 
ახალი სტრუქტურა ვერტიკალურიდან ჰორიზონტალური მართვის მოდელზე გადასვლას ითვალისწინებს და სააგენტოს დასახული მიზნების მიღწევისა და შესაძლებლობების ეფექტური რეალიზების საშუალებას მისცემს. 
სტრუქტურულ ცვლილებებზე მუშაობა 2013 წლის აგვისტოში დაიწყო. ახალი სტრუქტურის ფორმირების პროცესში „სინერჯი ჯგუფის“ სპეციალისტებთან ერთად სააგენტოს თავმჯდომარე, მისი მოადგილეები, ასევე სააგენტოს ქვედანაყოფების ხელმძღვანელები და სხვა თანამშრომლები იყვნენ ჩართულები. ახალი სტრუქტურა ძალაში 2014 წლის 1 მარტიდან შევა. 
სტრუქტურული ცვლილებები: 
ახალი სტრუქტურის მიხედვით სააგენტოს ნაცვლად ორისა, ეყოლება სამი მოადგილე. აღნიშნული ცვლილება მოადგილეებს შორის ამოცანებისა და პასუხისმგებლობის თანაბრად გადანაწილებას და სტრატეგიულ ამოცანებზე ეფექტურ ორიენტირებას შეუწყობს ხელს.
ახალ სტრუქტურაში ადამიანური რესურსების მართვის სამსახური და სტრატეგიული დეპარტამენტი დამოუკიდებელ რგოლებად იფუნქციონირებენ და სააგენტოს თავმჯდომარის დაქვემდებარებაში გადაინაცვლებენ. გარდა ამისა, სტრატეგიული დეპარტამენტის ორ სამსახურს (მარკეტინგი და ბიზნეს პროცესების სამსახური) ემატება მესამე - დაგეგმვისა და კონტროლის სამსახური, რომლის შექმნის მიზანია ანგარიშვალდებულების ახალი სისტემის შექმნა და დანერგვა მიმდინარე საქმიანობის მონიტორინგის გასაუმჯობესებლად, რაც საბოლოოდ ორგანიზაციის ეფექტიანობის ზრდას გამოიწვევს. 
სააგენტოს დაემატა კიდევ ერთი ახალი სტრუქტურული ერთეული - რთული შემთხვევების მართვის დეპარტამენტი, სადაც თავს მოიყრის რთულად განსახილველი საკითხები, რომელთა გადაწყვეტაში კვალიფიციური და გამოცდილი მენეჯერები ჩაერთვებიან. 
ახალ სტრუქტურაში გადაწყვეტილებების მიღება გასულ წელს დანერგილი კომიტეტების მეშვეობით მოხდება. კომიტეტი გადაწყვეტილების ობიექტურად მიღების საშუალებას აძლევს ხელმძღვანელობას და ასევე თანაბრად ანაწილებს პასუხისმგებლობას მის მონაწილე წევრებს შორის. კომიტეტების მეშვეობით ხდება გადაწყვეტილებების მიღება ისეთ ძირეულ საკითხებზე, როგორიც არის სახელმწიფო ქონების განკარგვა/მართვა, საწარმოთა მართვა, სტრატეგიული ცვლილებები და იურიდიული საკითხები. 
ახალი სტრუქტურა დაკომპლექტდა სააგენტოს არსებული კადრებით. სტრუქტურის ძალაში შესვლისა და ფუნქციების ახალი გადანაწილების შემდეგ გაგრძელდება მუშაობა პროცედურების ოპტიმიზაციის, სტრუქტურული ერთეულებისა და კადრების გაძლიერებისათვის.